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스톡옵션 행사/세금

벤처기업 스톡옵션 행사, 비과세 특례 적용 시 꼭 챙길 것

작성일: 2024년 9월 11일

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최근 수정일: 2026년 4월 17일

목차

AI 요약

  • 이 글은 벤처기업 스톡옵션 행사이익에 대한 비과세 특례의 대상과 실무 적용 방법을 정리한다.
  • 비과세는 적격 벤처기업과 적법하게 부여된 스톡옵션에만 적용되고, 행사이익 2억원 한도와 비과세특례적용명세서 제출 기한을 함께 챙겨야 한다.
  • ZUZU는 벤처기업 스톡옵션 비과세 특례를 검토할 때 참고할 기준을 정리한다.

스톡옵션 시가 미만 발행 한도가 확대됐어요!

  • 2026년 1월부터 중소벤처기업부가 시가 이하로 발행할 수 있는 스톡옵션의 한도를 직원당 20억원으로 확대했습니다.
  • 이번 변경은 향후 스톡옵션 설계 전략에 영향을 줄 수 있어 참고하시기 바랍니다. 자세한 변경 내용과 이에 대한 해석이 궁금하다면, 아래 아티클에서 확인하실 수 있습니다.
  • 👉 관련글: 2026년 벤처기업법 개정, 대표가 지금 판단해야 할 5가지

 

벤처기업 스톡옵션 특례 시리즈

스톡옵션 세제혜택이란?

우리나라에서는 주식매수선택권(스톡옵션)을 행사하면 실제 현금 유입이 없더라도 시가와 행사가의 차액을 행사 이익으로 판단하여 세금을 부과하죠. 하지만 비상장 스타트업은 회사가 해산·파산할 수도 있고, 장기간 상장하지 못하는 등의 상황으로 스톡옵션 행사로 얻은 주식을 양도하지 못할 수 있어요.

이렇게 되면 실익을 얻지 못한 채, 억울하게 세금만 낸 상황이 발생하는 건데요. 이에 정부에서는 벤처기업을 대상으로, 임직원의 스톡옵션 세금 부담을 줄이기 위해 다양한 스톡옵션 세제 혜택을 운영하고 있어요.

어떤 세제 혜택이 있나요?

  1. 벤처기업의 임원 또는 종업원(자회사 임직원 포함)이 스톡옵션을 행사함으로써 얻는 이익은 개인당 2억 원까지 비과세해요
  2. 근로소득세를 5년간 분할납부할 수 있어요
  3. 일정 요건을 갖췄다면 양도 시점에 양도소득으로 과세하는 방법도 있어요

세 가지 특례 모두 동시 적용도 가능해요.. 비과세 특례를 먼저 적용받은 뒤에 일부는 과세 특례, 일부는 납부 특례를 적용받는 식으로요. 그렇다면 스톡옵션 비과세 특례, 누구에게 어떻게 적용할까요?

스톡옵션 비과세 특례 적용 대상

스톡옵션 비과세 특례는 ‘벤처기업이 행사한 경우’ 또는 ‘벤처기업이 발행한 주식 총수의 100분의 30 이상을 인수한 기업의 임직원이 행사한 경우’에 적용이 가능해요.

부여된 스톡옵션의 조건

부여된 스톡옵션이 ‘벤처기업육성에 관한 특별조치법’에 따라 부여받았거나 혹은 ‘코넥스 상장 기업으로부터 상법에 따라 적법하게 부여받은 스톡옵션’이어야 특례 적용이 가능해요. 스톡옵션 특례 적용 대상자도 부여된 스톡옵션이 위 조건에 하나라도 충족되어야 세제혜택이 가능하니 이 점을 유의하여 혜택 신청을 해야 해요.

스톡옵션 비과세 특례 세부 사항

  • 스톡옵션 행사이익 2억 원 이내까지 가능
  • 행사이익 = 당시 시가와 실제 매수가액의 차액, 신주인수권 포함
  • 비과세 한도는 연간 2억 원(2023년 상향 조정)
    • 2023년 이전(법 개정 이전)에 행사했다면 비과세 한도는 5천만 원
    • 2023년 이후에 행사했다면 비과세 한도 2억 원 적용
    • 벤처기업별, 소득세를 매기지 않는 벤처기업 스톡옵션 행사이익은 총 누적금액 5억 원을 초과하지 못함
이미지를 클릭할 수 있어요

스톡옵션 비과세 특례 실무

1. 비과세 적용

급여에 스톡옵션 행사이익을 더한 후에 행사이익은 2억 원까지는 비과세 적용을 해요.

2. 원천징수

이후는 근로소득에 더하여 근로소득세를 계산하여 원천징수를 하고 원천징수이행상황신고를 해요.

3. 비과세특례적용명세서를 세무서장에 제출

회사 담당자가 비과세특례적용명세서를 원천징수 관할 세무서장에게 제출해야 해요! 제출기한은 벤처기업 스톡옵션 행사일이 속하는 연도의 다음 연도 2월말일까지예요. 본인 회사의 사업장이 속한 세무서에 확인하여 담당자에게 팩스 혹은 우편으로 제출하시면 되어요.

4. 연말정산 소득공제 적용

벤처기업 임원 또는 종업원이 부여받은 스톡옵션을 행사하여 신주를 인수받았다면, 투자로 인정되어 소득공제를 받을 수도 있어요.

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